Работата од својата надлежност утврдена со Уставот и законите, Апелациониот суд Скопје ја извршува преку совети од три и пет судии, јавните расправи во граѓанските спорови и главните претреси во кривичните предмети во совет составен од двајца судии и тројца судии поротници.

Согласно со Судскиот деловник објавен во („Службен весник на РМ“ број 71/07 од 7 јуни 2007 година) со чии одредби поблиску е уредена внатрешната организација на судот, начинот на работење, водењето на уписниците и другите книги, постапувањето со списите, обрасците, претставките и други прашања од значење за работата на судовите, во Апелациониот суд Скопје функционираат шест судски оддели, односно кривичен оддел, прекршочен оддел, граѓански оддел, оддел за работни спорови, трговски оддел и оддел за судска практика.